Когда ломается телепорт доктора Кляйнера, Гордон два раза случайно телепортируется в кабинет Доктора Брина в Цитадели
Когда ломается телепорт доктора Кляйнера, Гордон два раза случайно телепортируется в кабинет Доктора Брина в Цитадели

* Глава 2: Великий день (англ. A Red Letter Day) — В лаборатории Гордон надевает новый H.E.V.-костюм. Доктор Кляйнер решает, что Гордона лучше отправить в Восточную Чёрную Мезу, секретную лабораторию Илая, расположенную за чертой города на территории бывшей ГЭС. Но из-за ручного хедкраба Кляйнера процесс телепортации проходит неудачно, и Фримену приходится искать другой путь из города.

* Глава 3: Через каналы (англ. Route Canal) — Пробираясь через городские каналы, Гордон находит базы сопротивления, населённые людьми и вортигонтами, ставшими теперь союзниками «Сопротивления». Здесь ему дают воздушный катер , что позволяет ему двигаться с гораздо большей скоростью по радиоактивным каналам.

* Глава 4: Опасная вода (англ. Water Hazard, по другому переводу Радиоактивные воды) — Средство передвижения Гордона замечает Альянс и посылает в погоню вертолёт-охотник. На следующей базе сопротивления вортигонт-механик монтирует на воздушный катер Гордона пулемёт, благодаря которому наш герой избавляется от вертолёта и благополучно добирается до лаборатории.

* Глава 5: Восточная Чёрная Меза (англ. Black Mesa East) — Гордон прибывает в лабораторию. Его встречает доктор Джудит Моссман. Она проводит Гордона вниз к Илаю. Затем Аликс вручает ему «гравитационную пушку» и показывает, как ей пользоваться. Гордон играет в разряженную электрическую мину Альянса с роботом Аликс - Псом, оснащённым аналогичным манипулятором. Внезапно лаборатория подвергается атаке Альянса, и Гордону приходится уходить через подземный туннель, ведущий в заброшенный шахтёрский городок Ревенхольм. Илая Венса арестовывают и отправляют в тюрьму Альянса Нова Проспект.

* Глава 6: «В Рэвенхольм не ходят…» (англ. “We Don’t Go To Ravenholm…”, по другому переводу Мы не ходим в Рэвенхольм…) — Гордон вскоре понимает, почему этот город заброшен: он заполнен хедкрабами и зомби. Отец Григорий (полусумасшедший священник и единственный человек, живущий в Рейвенхолме) помогает ему выжить в жутком городе и приводит его к заброшенной шахте, ведущей в доки на побережье около Сити 17.

* Глава 7: Шоссе 17 (англ. Highway 17, по другому переводу Дорога 17) — Гордон находит базу сопротивления, атакуемую отрядами Альянса. Аликс сообщает о том, что Илай захвачен и удерживается в Нова Проспект, старой тюрьме особого режима. Гордон проезжает по дороге на берегу на багги, направляясь к Нова Проспект. Его план осложняет ещё и то обстоятельство, что в данный момент сезон размножения у инопланетных насекомоподобных «муравьиных львов», когда они особенно агрессивны.

* Глава 8: Песчаные ловушки (англ. Sandtraps) — Гордон прибывает к маяку, следующей базе сопротивления, и вынужден продолжить своё путешествие уже пешком. Муравьиные львы созревают под землёй, и малейший шорох песка пробуждает к жизни их агрессивные толпы, так что Гордону приходится пробираться довольно осторожно. После победы над огромным «Стражем муравьиных львов», Гордон получает «фероподы» — железу, наполненную феромонами, благодаря которой он теперь может управлять муравьиными львами и натравливать их на солдат Альянса.

* Глава 9: Нова Проспект (англ. Nova Prospekt) — Наконец, прибыв в тюрьму, Гордон и Аликс ищут информацию о местонахождении доктора Венса. Муравьиные львы помогают ему разобраться с силами Альянса.
* Глава 10: Главный нарушитель (англ. Anticitizen One, по другому переводу Нарушитель номер один) — Странная неполадка в оборудовании приводит к тому, что они прибывают в лабораторию Кляйнера, совершив межвременной переход в будущее, через неделю после отправления (хотя для Гордона и Аликс эта неделя кажется долями секунды между «ещё здесь» и «уже там»). Гордон обнаруживает, что Сити 17 ввергнут в хаос и Сопротивление подняло восстание. Бойцы Сопротивления, ведомые Гордоном, направляются к Цитадели, чтобы освободить доктора Вэнса и свергнуть Альянс.

* Глава 11: «За Фрименом!» (англ. «Follow Freeman!») — После вызволения Барни, прижатого снайперами, Гордон отключает силовое поле, блокирующее проход к Цитадели. Отряд боевых машин Альянса, и треногов-страйдеров атакует силы Сопротивления, но их атака отбивается. Барни провожает Гордона в Цитадель со словами "Увидишь Брина - передай ему от меня, чтобы он шёл на хрен!".

* Глава 12: Наши покровители (англ. Our Benefactors) — Гордон пробирается в Цитадель через подземные ходы. Он попадает в тупик, и ему приходится путешествовать дальше в ячейке для сталкеров, движущеюся куда-то в лабиринтах цитадели. В конце поездки Гордон попадает в конфискационное поле, и всё его оружие отбирается, кроме гравитационной пушки, которую система не определяет и при попытке уничтожения, наоборот, усиливает его свойства и добавляет новое — способность манипулировать органической материей, жёлтое излучение становится синим. Вооружённый лишь гравипушкой, Гордон расчищает свой путь через Цитадель, пока опять не попадает в тупик и не сталкивается вторично с необходимостью путешествовать в контейнере.

* Глава 13: Тёмная энергия (англ. Dark Energy) — Гордон наконец сталкивается лицом к лицу с доктором Брином, который, пользуясь беспомощностью Гордона, отбирает у него гравипушку. Вместе с Брином Гордона встречает и Джудит Моссман, а затем Брин вызывает и Илая с Аликс, заключённых так же, как и Гордон. Но когда Брин говорит, что Илай ему больше не нужен, и угрожает Гордону, Джудит, лелеявшая надежду спасти Илая, встаёт на сторону игрока. Брину удаётся сбежать к огромному телепорту в сердце Цитадели, который сможет перенести его в мир Альянса. Аликс, Моссман и Илай остаются в кабинете Брина. Освободившись, Гордон преследует его и уничтожает телепорт до того, как он успевает переместиться, но не успевает убежать от огромного взрыва. В самом конце время останавливается, и после малопонятной, но многообещающей тирады G-man’а Гордон опять остаётся во тьме…